É licenciada em Direito pela Universidade de Lisboa, tendo, posteriormente, seguido a sua formação académica na Universidade de Nova Iorque onde tirou um Mestrado em Trade Regulation. Aí, foi distinguida com o Frank Diersen Prize, que premeia o melhor aluno do programa de Mestrado, tendo sido igualmente investigadora convidada naquela Universidade.
Conta ainda com um segundo Mestrado em Direito da Concorrência da UE pelo King’s College da Universidade de Londres, e uma Pós-Graduação em Direito da Concorrência pela mesma instituição.
Entre 2002 e 2012, Maria João Melícias foi Advogada Associada e Associada Sénior da área de Direito Europeu e Concorrência da PLMJ, em Lisboa.
Foi ainda membro da Associação Portuguesa de Direito Europeu (APDE), da Comissão de Concorrência da International Chamber of Commerce (ICC) e do Círculo dos Advogados Portugueses de Concorrência (CAPDC).
Antes de ter sido nomeada vogal do conselho de administração da Autoridade da Concorrência, a 24 de maio de 2014, Maria João Melícias era referendária no Tribunal de Justiça da União Europeia, no Luxemburgo.
Leciona regularmente em cursos científicos e conferências, possuindo diversos artigos publicados nas mais prestigiadas revistas internacionais, particularmente em matéria de antitrust e política da concorrência.